สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.) เป็นองค์กรของรัฐ ตาม พ.ร.บ.หลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 ภายใต้การกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในฐานะประธานคณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ โดย สปสช. ทำหน้าที่เป็นสำนักงานเลขานุการ ของคณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ และคณะกรรมการควบคุมคุณภาพและมาตรฐานบริการสาธารณสุข ซึ่งมีภารกิจหลักในการบริหารจัดการเงินกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด รวมทั้งพัฒนาระบบบริการสาธารณสุข เพื่อให้ประชาชนเข้าถึงบริการที่มีคุณภาพได้มาตรฐาน และด้วยการบริหารจัดการเงินกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติได้อย่างมีประสิทธิภาพ โปร่งใส สามารถตรวจสอบได้ และเกิดประโยชน์สูงสุดต่อประชาชน สปสช. จึงได้รับรางวัลทุนหมุนเวียนดีเด่น จากกระทรวงการคลังมาอย่างต่อเนื่อง ตั้งแต่ปี 2551

นอกจากนี้ สปสช. ได้พัฒนาโครงสร้างการบริหารระบบหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้าระดับพื้นที่ โดยจัดตั้งสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติเขต จำนวน 13 แห่ง ครอบคลุมทั่วประเทศ เพื่อดำเนินงานร่วมกับสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดด้วยความสัมพันธ์แบบ partnership ในฐานะสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติสาขาจังหวัด ทั้งนี้เพื่อก้าวไปให้ถึงจุดมุ่งหมายตามวิสัยทัศน์ขององค์กร คือ